Para estipular a verba para os particpantes, a CBF estipulou dois critérios. Primeiro, se o clube está entre os dez primeiros do Ranking Nacional de Clubes da CBF. Depois, se o time disputa a elite nacional. Quem não se enquadrar nestes dois critérios fará parte de um terceiro grupo, que receberá o piso das cotas.

Os times do Grupo I, que estão entre os dez primeiros no Ranking, receberão R$ 250 mil na 1ª Fase e mais R$ 250 mil se passarem à 2ª Fase. Atlético-MG, Cruzeiro, Grêmio, São Paulo e Palmeiras são os clubes que se enquadram nesta situação.

O Grupo II é formado pelos times que disputarão o Brasileirão em 2012 e não estão entre os dez primeiros do Ranking. São os casos de Atlético-GO, Bahia, Botafogo, Coritiba, Náutico, Ponte Preta, Portuguesa e Sport. Estas equipes receberão R$ 220 mil na 1ª fase e a mesma quantia se passarem à 2ª fase.

Por fim, o Grupo III terá os 51 clubes restantes; inclusive alguns bem tradicionais como Atlético-PR, Goiás, Guarani e Santa Cruz. Os integrantes deste grupo terão direito a apenas R$ 120 mil na 1ª Fase. Caso se classifiquem, terão direito a mais R$ 120 mil na 2ª Fase.

A partir das oitavas-de-final (3ª Fase), as cotas passam a ser iguais para todos os classificados. Nesta etapa, cada clube receberá R$ 300 mil. Nas quartas-de-final, o valor subirá para R$ 400 mil e, nas semifinais, as cifras serão de R$ 500 mil para os quatro classificados.

O grande campeão da Copa do Brasil 2012 terá uma premiação de R$ 2,5 milhões. O vice-campeão, apesar de não levantar a taça e nem conquistar a vaga na Copa Libertadores de 2013, terá o consolo de engordar a conta bancária em 1,5 milhão em prêmio.

Com isso, somando todas as fases, um integrante do Grupo I poderá ganhar um total de R$ 4,2 milhões se for campeão. Se o vencedor sair do Grupo II, levará a bolada de 4,14 milhões. Já se for do Grupo III, ganhará R$ 3,94 milhões.